Vysokoškolské studium ukončil na Fakultě stavební ČVUT v Praze v oboru Konstrukce a dopravní stavby v roce 1972. Jeden rok pracoval jako projektant ve Státním ústavu dopravního projektování v Praze, poté nastoupil do aspirantského studia na Fakultě stavební na Katedře ocelových konstrukcí. V roce 1981 obhájil svoji kandidátskou disertační práci a v roce 1987 byl jmenován docentem. Ve své pedagogické činnosti se věnoval hlavně ocelovým mostům, v odborné oblasti se zaměřoval na teorii ocelových mostů, únavu a křehký lom a na modální analýzu mostů, v poslední době se zabývá historií ocelových mostů. Pod jeho vedením získalo několik doktorandů vědecký titul Ph.D.
Publikační činnost Tomáše Rottera je za více než 45 let jeho odborného působení velmi rozsáhlá, obsahuje více než 330 prací. Byl odpovědným řešitelem nebo spoluřešitelem několika projektů Ministerstva dopravy ČR, Technologické agentury ČR a Ministerstva kultury ČR. Aktivně se podílel na přejímání evropských návrhových norem do systému ČSN. Několik let je zkušebním komisařem při autorizačních zkouškách ČKAIT pro inženýrské konstrukce a mosty.
Dlouhodobě se věnuje nejen akademickým, ale i praktickým projektům. Podílel se na projektech a realizacích několika významných mostů, mezi které patří např. lávka přes dálnici D1 v Praze-Chodově, Mariánský most v Ústí nad Labem, Lochkovský most na Pražském okruhu nebo rekonstrukce Žďákovského mostu. Zúčastnil se několika architektonicko-konstrukčních mostních soutěží u nás i v zahraničí, jedná se např. o přemostění Labe v Drážďanech, přemostění Vltavy na silničním okruhu kolem Prahy v Suchdole nebo Dlouhý most v Českých Budějovicích. Vypracoval několik expertních posudků, např. v roce 2009 posudek o příčinách havárie mostu ve Studénce pro Policii ČR.
